辦公室

辦公室是院綜合、協調辦事機構，是院行政綜合管理部門。

科研管理部

科研管理部是院科技項目、科技創新平臺、外事綜合管理部門。

科技合作部

科技合作部是院國內科技合作與交流的業務主管部門。

科技條件部

科技服務部

人力資源部

人力資源部是院主管機構編制、組織干部、人事人才、工資福利、計劃生育等工作的職能部門。

財務與資產管理部

財務與資產管理部是院本級財務管理機構，是全院財務管理、國有資產管理、會計核算的業務主管部門。審計室是院內部審計的業務主管部門。

監察審計部

監察審計部是院紀檢監察、內部審計的業務主管部門。

黨群工作辦公室

黨群工作辦公室是全院黨務、統戰、思想政治、精神文明建設、群團工作的業務主管部門。監察室是院行使紀檢監察職能的專門機構。黨群工作辦公室與監察室合署辦公。

廣東省農業科學院水稻研究所

廣東省農業科學院水稻研究所主要開展以水稻育種研究為中心的稻作科技創新，開展水稻生物技術、稻種資源、耕作栽培、生理生態等相關研究，為廣東乃至南方稻區的水稻生產提供強大的科技支撐，為維護糧食可持續安全不斷作出新貢獻。

廣東省農業科學院果樹研究所

廣東省農業科學院果樹研究所主要從事熱帶南亞熱帶果樹栽培技術、新品種選育、種質資源收集保存創新利用、生物技術及果品保鮮貯運加工等公益性科研技術研究、成果轉化與技術推廣服務等專業工作。

廣東省農業科學院蔬菜研究所

廣東省農業科學院蔬菜研究所主要圍繞廣東及華南地區蔬菜產業的發展需求，開展蔬菜種質資源收集與鑒評、蔬菜新品種選育及配套栽培技術、生物技術等關鍵技術研究。

廣東省農業科學院作物研究所

廣東省農業科學院作物研究所圍繞廣東及華南地區農業和生產中的關鍵技術，重點開展作物新品種選育、配套栽培技術、農產品加工技術及生物技術的研究與開發。

廣東省農業科學院植物保護研究所

廣東省農業科學院植物保護研究所主要從事農業安全生產中有害生物（病蟲草鼠、入侵生物）可持續控制的重大與關鍵技術研究；環境友好型高效、低毒農藥與生物防治研發推廣；農作物品種抗病蟲種質及農業有害生物的資源收集、鑒定、保存與創新利用；農藥大田藥效評價、生物活性測定和農藥殘留研究。

廣東省農業科學院農業質量標準與監測技術研究所

廣東省農業科學院農業質量標準與監測技術研究所主要開展農產品質量安全、標準與評價技術研究，承擔農產品、農業投入品、農業生態環境的監測和安全評價等工作，開展農產品、農業投入品監測技術培訓和技術服務。

廣東省農業科學院設施農業研究所

廣東省農業科學院設施農業研究所，是開展設施農業專用品種、關鍵技術研究，承擔設施農業精準化、數據化栽培技術研究平臺建設，促進設施農業智能化發展等工作的公益一類科研事業單位。

廣東省農業科學院動物科學研究所（水產研究所）

廣東省農業科學院動物科學研究所（水產研究所）主要從事畜禽遺傳育種、動物營養與飼料科學、水產科學、動物保健品研究與開發。

廣東省農業科學院蠶業與農產品加工研究所

廣東省農業科學院蠶業與農產品加工研究所主要從事水果和蔬菜深加工、糧油深加工、農業資源綜合利用、功能食品、畜禽水產品加工、食品安全等農產品加工研究，桑樹和家蠶種質資源收集保存及新品種選育、家蠶病害防治等蠶業科技研究，農業微生物在畜牧和水產健康養殖、農副產物綜合利用的應用等研究。

廣東省農業科學院農業資源與環境研究所

廣東省農業科學院農業資源與環境研究所從事植物營養與作物高效施肥、農業資源利用與新型肥料研發、土壤改良與耕地保育、農業面源污染監測與治理、農田重金屬污染土壤修復等領域的公益性科學研究和成果推廣轉化、技術服務工作。

廣東省農業科學院動物衛生研究所

廣東省農業科學院動物衛生研究所主要開展動物疫病防治理論和技術研 究、 人獸共患病的傳播機制和防控技術研究、動物源性食品衛生檢驗技術研究、養殖環境的生物安全體系研究、新型獸用診斷技術與方法研究、新型獸用疫苗及藥物研發與產業化。